کیست هموراژیک (خونی) معمولا عارضه ای برای تخمدان ایجاد نمیکند ولی کیست های اندومتریوما یا شکلاتی میتوانند با عوارض جدی مانند چسبندگی ها و نازایی و حتی مشکلات ادراری و گوارشی جدی همراه باشند ، لذا افتراق این دو بیماری از هم بسیار حایز اهمیت میباشد.
کیست هموراژیک (خونی) ممکن است در یک دوره از سیکل قاعدگی همراه با درد و علایم نامنظمی قاعدگی باشد ولی کیست شکلاتی (اندومتریوما) علایمش به صورت مزمن میباشد.
البته گاها هر دو کیست هم بدون هیچ علامتی و به صورت یک یافته اتفاقی در سونوگرافی کشف شده است.